trimmomatic_otherparams for SE and PE

Docker_base/Dockerfile

@@ -30,7 +30,7 @@ RUN pip3 install multiqc==1.9
 # Make table cells adapt to content (height and width)
 ARG GET_PYTHON_VERSION="python3 --version | cut -d ' ' -f2 | cut -d'.' -f1,2 "
 RUN echo "Detected Python $(eval ${GET_PYTHON_VERSION})"
-RUN sed -i "739s/absolute/relative/g" /usr/local/lib/python${GET_PYTHON_VERSION}/dist-packages/multiqc/templates/default/assets/css/default_multiqc.css
+RUN sed -i "739s/absolute/relative/g" /usr/local/lib/python$(eval ${GET_PYTHON_VERSION})/dist-packages/multiqc/templates/default/assets/css/default_multiqc.css
 
 RUN Rscript -e 'install.packages("yaml",Ncpus=8,repos="https://cloud.r-project.org/");library("yaml")'
 RUN Rscript -e 'install.packages("DT",Ncpus=8,repos="https://cloud.r-project.org/");library("DT")'

deploys/Readme.md

@@ -11,6 +11,11 @@ Ce workflow peut être lancé de manière autonome sur :
    
 
   * Remarquer la présence des fichiers suivants :
+
+    * Dockerfile : fichier de recettes pour la construction de l'image Docker
+
+    * Singularity.def : fichier de recettes pour la construction de l'image Singularity (nécessite les droits root)
+
     * install.sh permet d'installer les logiciels pré-requis (à faire une seule fois si nécessaire!)
 
     * deployBigMem.sh : permet de déployer un conteneur en mode web sur une machine de type bigmem
@@ -19,7 +24,7 @@ Ce workflow peut être lancé de manière autonome sur :
 
     * deployLocalHost.sh : permet de deployer sur votre machine
 
-    * waw_workflow.qsub : script de soumission d'un workflow sur le cluster MBB
+    * waw_workflow.qsub : script de soumission d'un workflow sur le cluster MBB (nécessite une la création de l'image singularity au préalable)
 
     * RunCmdLine.sh : permet de déployer et executer un workflow en ligne de commande (Nous verrons cela dans une prochaine partie)
 
@@ -75,12 +80,12 @@ Ce workflow peut être lancé de manière autonome sur :
 
           ***deployLocalHost.sh /home/$USER/datasets/rnaseq/ /home/$USER/result1 local***
 
-    ### B/ Changer la version d’un outil
+    ### B/ Changer la version d'un outil
 
     Les procédures d'installation des différente outils nécessaires au bon fonctionnement du workflow sont rassemblées dans un fichier de recette nommé Dockerfile.
     * Ouvrir ce fichier et repérer la partie concernant l'installation de kallisto
     * Liste des versions de kallisto : <https://github.com/pachterlab/kallisto/releases>
-    * Modifier le n° de version pour une version de kallisto plus récente
+    * Modifier le numéro de version pour une version de kallisto plus récente
     * Relancer le conteneur avec l'option 'local' pour reconstruire l'image avec vos modifs
 
       ***deployLocalHost.sh /home/$USER/datasets/rnaseq/ /home/$USER/result1 local***
@@ -112,7 +117,7 @@ Ce fichier peur être :
 
 * Enregistrer vos modifs dans maconfig.yaml dans par ex. /home/$USER/results1/version2/ et sera visible dans le conteneur sous /Result/maconfig.yaml
 
-  * lancer depuis une console la ligne de commande (ici la paramètre 10 pour utiliser 10 coeurs) :
+  * lancer depuis une console la ligne de commande (ici le paramètre 10 pour utiliser 10 coeurs) :
 
     ***bash RunCmdLine.sh /home/$USER/datasets/rnaseq/ /home/$USER/results1/version2/ /Results/maconfig.yaml 10***
 
@@ -126,7 +131,7 @@ Ce fichier peur être :
 
 ex 1 deploiement : ***bash deployBigMem.sh /home/votrelogin/data1/ /home/votrelogin/results1/***
 
-A l’intérieur du conteneur :
+A l'intérieur du conteneur :
 
 * /home/votrelogin/data1/ -> /Data/
 * /home/votrelogin/results1/ -> /Results/

deploys/install.sh

@@ -6,4 +6,27 @@ sudo apt-get update
 sudo apt-get install -y docker.io
 
 ##### nginx install #####
-sudo apt-get install -y nginx
\ No newline at end of file
+sudo apt-get install -y nginx
+
+###### Singularity install #######
+sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev uuid-dev libgpgme11-dev \
+     squashfs-tools libseccomp-dev wget pkg-config git cryptsetup debootstrap
+
+#Install Go https://golang.org/ and extract to /usr/local/go
+wget https://dl.google.com/go/go1.13.linux-amd64.tar.gz
+
+sudo tar --directory=/usr/local -xzvf go1.13.linux-amd64.tar.gz
+export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH
+
+#Change version if needed
+wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/v3.8.3/singularity-3.8.3.tar.gz
+tar -xzvf singularity-3.8.3.tar.gz
+
+cd singularity-3.8.3
+./mconfig
+cd builddir
+make
+sudo make install
+ 
+#You can test your installation
+singularity run library://godlovedc/funny/lolcow
\ No newline at end of file

deploys/waw_workflow.qsub

@@ -21,11 +21,8 @@ configFile=$3
 cores=$4
 singularityImage=$5
 
-#if we must build the image from dockerhub image
- # singularity build rnaseqde.simg docker://mbbteam/rnaseqde:latest
-# or from a Dockerfile with spython helper
-# pip3 install spython # if you do not have spython install it from the command line
-  #spython recipe Dockerfile &> Singularity.def
+
+# If needed build singularity image 
 # sudo singularity build --sandbox waw-workflow Singularity.def
 
 

tools/trimmomatic/trimmomatic.rule.snakefile

@@ -15,7 +15,7 @@ if config["SeOrPe"] == "PE":
             qc_score = config["<step_name>__trimmomatic_qc_score"],
             ILLUMINACLIP = "ILLUMINACLIP:" + config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] + ":" + config["<step_name>___PE"] if (config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] != "") else "ILLUMINACLIP:/opt/biotools/Trimmomatic-0.38/adapters/" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaAdapters_PE"] +"PE-2.fa" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaclip_PE"],
             MINLEN = "MINLEN:" + str(config["<step_name>__trimmomatic_MINLEN"]),
-            otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams"]
+            otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams_PE"]
         threads:
             config["<step_name>__trimmomatic_threads"]
         shell:
@@ -48,7 +48,7 @@ elif config["SeOrPe"] == "SE":
             qc_score = config["<step_name>__trimmomatic_qc_score"],
             ILLUMINACLIP = "ILLUMINACLIP:" + config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] + ":" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaclip_SE"] if (config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] != "") else "ILLUMINACLIP:/opt/biotools/Trimmomatic-0.38/adapters/" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaAdapters_SE"]+ "SE.fa"  + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaclip_SE"],
             MINLEN = "MINLEN:" + str(config["<step_name>__trimmomatic_MINLEN"]),
-            otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams"]
+            otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams_SE"]
         threads:
             config["<step_name>__trimmomatic_threads"]
         shell:

tools/trimmomatic/trimmomatic.yaml

@@ -82,7 +82,7 @@
               label: "Specifies the minimum length of reads to be kept.",
             },             
             {
-              name: trimmomatic_otherparams,
+              name: trimmomatic_otherparams_SE,
               type: text,
               value: "",
               label: "(optional) See documentation for other trimmomatic parameters (LEADING, TRAILING,  ...)",
@@ -145,7 +145,7 @@
               label: "Specifies the minimum length of reads to be kept.",
             }, 
             {
-              name: trimmomatic_otherparams,
+              name: trimmomatic_otherparams_SE,
               type: text,
               value: "",
               label: "(optional) See documentation for other trimmomatic parameters (LEADING, TRAILING, ...)",