diff --git a/tools/accel_align/accel_align.rule.snakefile b/tools/accel_align/accel_align.rule.snakefile
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--- a/tools/accel_align/accel_align.rule.snakefile
+++ b/tools/accel_align/accel_align.rule.snakefile
@@ -24,7 +24,7 @@ if config["SeOrPe"] == "PE":
             "-t {threads} "
             "-l {params.accel_align_seed_length} "
             "-p {params.accel_align_insert_size} "
-            "{params.accel_align_alignment_free} "
+            "{params.accel_align_softclipping} "
             "{params.accel_align_alignment_free} "
             "-o {params.tmp_sam}  "
             "{params.indexPrefix} "
@@ -58,7 +58,7 @@ elif config["SeOrPe"] == "SE":
             "{params.command} "
             "-t {threads} "
             "-l {params.accel_align_seed_length} "
-            "{params.accel_align_alignment_free} "
+            "{params.accel_align_softclipping} "
             "{params.accel_align_alignment_free} "
             "-o {params.tmp_sam} "
             "{params.indexPrefix} "