Creation de PE_read et SE_read

Lorsqu'on utilise des outils en single end une erreur se crée car le paramètre par défaut de raw_read.yaml est en PE ce qui engendre une erreur par la suite lorsque le snakemake containerized est exécuté.

Un exemple :

NameError in file /var/www/html/waw/output/8NdoEQV7NuYCxJZu/workflow_77480/files/Snakefile, line 169:
name 'quality_1__trimmomatic_PE_inputs' is not defined

Sur le court terme il y a surement un moyen de faire en sorte que le param.totla.yaml s'adapte par rapport au schéma yaml. Sur le long terme il sera peut être intéressant de simplifié et revoir le script generate_workflow_snakemake.py afin de créer un format raw_PE_read et raw_SE_read (pour l'instant pas possible car de nombreuse exeception sur raw_read existent dans les différents fichier notamment generate_workflow_snakemake.py)