Gestion des Base de données
2 Points différents à aborder :
- Pour le moment seul les bases de données FROGS sont téléchargées dans certains pipeline. D'autres outils ont besoin de cette fonctionnalité sauf que pour le moment le lien symbolique des base de données est uniquement fait sur le répertoire $path_output/files/data/FROGS_taxonomy sur la racine /FROGS_taxonomy (script subwaw/action/action_workflow.php)
Il faut rendre cette étape plus générale en faisant le lien symbolique sur data/ ou on aurait un sous répertoire par type de database (FROGS_taxonomy, sortmerna...)
- Dans le cas d'un déploiement d'un workflow sur cluster de calcul comment aborder les bases de données ? Car elles ne peuvent pas être écrite à la racine dans /data/FROGS_taxonomy. Du coup où doivent être écrite les BDD dans le cas d'un lancement de pipeline sur HPC ? (paramètre lors de l'installation/deploiement sur hpc? répertoire de travail ? dans le répertoire Results ?)