Gérer workflow et outil utilisant read
De la même manière que pour read_dir (ou a été créé SE_read_dir et PE_read_dir) il faudrait créer SE_read et PE_read afin de correctement générer les fichiers lorsqu'on fait download.
Le problème vient du fait que read a pour variable par défaut PE donc une erreur se fait lorsqu'on créer un pipeline en SE dans le script generate_workflow. Afin de gérer se problème il est plus simple de créer 2 input (SE_read et PE_read)
Il faudra par la même occasion faire l'update des pipeline existant dans subwaw (en adaptant l'input)