Modification pipeline Radseq de novo et Radseq Ref

Suite aux modifications opérés et à venir il faut modifier le yaml et json des workflows Radseq de novo et Radseq ref.

Modification du raw_test -> ajout d'un contenu dans fichier test

Read_dir parametré en SE par défaut au lieu de PE.

Format output input de bowtie et radtag et population (catalogs_calls).