Formation 1 (BASH/SED/AWK/SGE)

Introduction

Pendant cette formation, les exercices pourront être effectués sur la machine virtuelle fournie (en local) ou bien depuis un client SSH (Putty) à travers une connexion au cluster MBB.

Cette formation a pour but d'aider les utilisateurs à se lancer dans le monde des clusters de calcul et en particulier celui de la plateforme MBB. Elle se déroule sur deux demi-journées. Les thèmes et objectifs principaux sont les suivants :

• d'une part, de maîtriser les concepts et techniques liés à l'utilisation de la ligne de commande et à la gestion des tâches dans un environnement de type cluster de calcul sous GNU/Linux
• d'autre part, de fournir un socle de connaissances nécessaires à l'analyse de grosses quantités de texte en ligne de commande

Chaque demi-journée sera divisée en chapitres eux mêmes divisés en une partie introductive théorique suivie d'une séance de travaux pratiques encadrés et interactifs. Pendant ces travaux pratiques, libre à vous de faire les exercices proposés, d'avancer au chapitre de votre souhait ou de poser des questions sur les cas d'utilisation qui vous concernent plus particulièrement.

Ce support respecte l'ordre dans lequel les chapitres seront abordés pendant la formation. Chaque chapitre contient une introduction explicative de l'outil ou du concept, éventuellement des liens vers une documentation plus poussée et des exemples concrets.

Programme

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1ere demi-journée	Introduction générale	BASH, Outils et concepts système et Cluster de calcul
2eme demi-journée	Manipulation de données de type texte	Analyse de texte

Exemples

Pour les deux séances nous aurons besoin de différents fichiers compactés dans http://mbb.univ-montp2.fr/MBB/uploads/formationBash.tar.gz Cette archive contient les fichiers suivants :

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omm.fasta	fichier de séquences de gènes de mammifère au format fasta extrait de la base de données orthomam
test.fastq	fichier de reads au format fastq
resu.sam	fichier de mapping des reads de test.fastq sur omm avec l'outil bowtie2

Machine virtuelle

La machine virtuelle utilisée pendant la formation fonctionne sous Ubuntu 15.10 . Vous pouvez la télécharger au format OVA (compatible virtualbox et vmware) ici : http://mbb.univ-montp2.fr/MBB/uploads/formation.ova

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